E-merge is een lichte en 'virtuele' organisatie. De basis is samenwerking 'op de werkvloer'. De centrale rol binnen de organisatievan E-merge wordt vervuld door de Coördinatiegroep.

De Coördinatiegroep coordineert de samenwerking en stemt de E-mergeactiviteiten af met de programmaleider, die de projecten aanstuurt.

Het Bestuur van E-mergebestaat uit de leden van het College van Bestuur van de deelnemende instellingen. Het bestuur is verantwoordelijk voor het nemen van besluiten, die vanuit de stuurgroep worden voorbereid.